2020年1月22日、国家和省医疗保障局、财政部下发《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗保障工作的通知》，部署疫情期间的医疗保障工作。南京市医保局坚决贯彻习近平总书记重要指示精神，落实李克强总理批示要求，按照市委市政府关于疫情防控具体工作安排，即日出台政策文件，确保新型冠状病毒感染的肺炎确诊患者不因费用问题影响就医，确保定点医疗机构不因医保总额预算管理规定影响救治。
一、临时调整医保支付范围。将《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》、覆盖的药品和医疗服务项目，临时性纳入医保基金支付范围，按照甲类目录管理。
二、实施医疗费用综合保障。确诊患者医疗费用，基本医保、大病保险、医疗救助等按规定支付后，个人负担部分由市、区财政给予补助。
三、保障药品耗材临床供应。对于疫情防控期间用于防护或临床必须使用的药品、医用耗材，允许公立医疗机构线下搜寻，与企业商定采购价格，满足临床急需，事后向市医保局备案。
四、优化医保支付方式。下拨预付金至新型冠状病毒肺炎定点收治医院，确诊患者及疑似患者的住院医疗费用实行单列结算，不纳入医院总额预算范围。
及时做好医疗费用结算服务。市医保经办机构对定点医疗机构治疗新型冠状病毒感染肺炎治疗所需的药品暂不在省下发药品目录数据库内的，要及时给予手工报销。做好新型冠状病毒肺炎参保人员的跨省和省内异地就医结算，对确诊的异地就医患者，先救治后结算，报销不执行异地转外就医支付比例调减规定。
